中交上海航道局的前身是创立于清光绪三十一年（1905年）的浚浦工程总局，利用西方治河技术治理黄浦江，运行现代机船疏浚航道；开始了上海港从黄浦江自然河道拓宽增深为世界级大港的历史进程。从以港兴城的意义上来说，百年航道沧桑巨变，她见证了上海成为国际大都市的历史轨迹。

1840年6月鸦片战争爆发后，英国舰队于1842年6月入侵上海并直抵南京城下，迫使清政府签订了《南京条约》，上海被辟为五口通商口岸之一，于1843年11月17日对外开埠。

开埠之初的黄浦江属自然河道，受涨落潮水的影响很大，黄浦江下游及吴淞口浅滩弯道众多、河势复杂，其中有5处碍航段比吴淞内外河淤积严重。当时江上航行的多为吃水仅1.2-1.3米的中国帆船，国外早期吃水2.5米的帆船尚可进出港。但到了十九世纪六、七十年代时，上海港的通商贸易方兴未艾，进出上海港的外国商船不断增多且吨位日渐加大，航道水深捉襟见肘，使大批的商船必须候潮进港，或者在吴淞口外驳卸货物后方能进港；严重滞后了商船周转速度并增加运营成本。上海外国总商会联合76家洋行多次致函港务长和海关税务司赫德，强烈要求对黄浦江航道进行整治疏浚。然而，清政府碍于主权颜面限于财力，又惧怕于英炮舰，且水深不影响中国帆船通航，便久拖而不办。期间，外商联合出资假以“修筑马路”的名义建造了一段通往江湾的沪淞铁路；运营时遭到上海道台和总理衙门与英国领事、公使严重交涉，恰巧又发生了火车压死一名当地农民而激起民愤；外商企图用铁路运输来解决航道问题的计划宣告破产。

在西方各国中，英国在沪的航运利益最大，所以，对航道疏浚的要求最迫切。1874至1897年间，驻沪英国领事和英籍海关税务司赫德多次照会上海道台，胁迫清政府疏浚航道。1882年10月，清政府迫于压力，首次从英国购买了一艘挖泥船“安定”号，在吴淞内河试挖，开创了上海港航道用机船疏浚的历史。

1900年，英国为首的八国联军借镇压义和团运动而发动侵华战争并攻占北京。1901年9月7日逼迫清政府签订了《辛丑条约》，丧权辱国的条约将黄浦江河道疏浚作为第十一款规定列入：“现设立黄浦河道局经管整理改善水道各工所，派该局各员，均代表中国及诸国保守在沪所有通商之利益。预估后二十年，该局各工及经管各费应每年支用海关银四十六万两，此数平分，半由中国国家付给，半由外国各干涉者出资……”。条款及37条附则看似由中外合办，实质是黄浦江疏浚权完全被列强攫取，其权限已远超出疏浚黄浦江的范围；加上经费实际上是转嫁中国负担，清政府借故拖延不办。在缔约国一再威逼下，清政府试图用“独认会费”的办法收回管辖权，以保全长江门户，但即召反对。几经磋商后，于光绪三十一年八月二十九日（1905年9月27日）与外国列强改订了修浚黄浦河道的条款。确定成立浚浦机构，由江海关道（上海道台兼任）和英籍海关税务司组建浚浦工程总局。

光绪三十一年九月初六日（1905年10月5日）南洋大臣特改订修浚黄埔河道条款具奏朝廷，光绪皇帝朱批“知道了”，方始由外务部录知转告上海道遵照办理。十二月初一日（12月26日），上海道台、江海关道袁树勋和江海关英籍税务司好博逊奉命组建浚浦工程总局，设局署外滩九江路1号。后民国17年（1928年），江海关和上海浚浦局在汉口路外滩共同出资建造的海关钟楼落成，浚浦工程总局迁入沿用至今。

清末时期，由清政府官办的浚浦工程总局的局长都由历任上海道台兼任，1906年初，清政府调任学贯中西的外务部员外郎辜鸿铭为浚浦工程总局会办（相当于现今的常务副局长），常驻局署协助江海关道、海关税务司经理全局事宜。

浚浦工程总局设立之前，各国领事就在酝酿掌握疏浚实权的总工程师人选。英德两国相持不下，便怂恿荷兰出面，由荷兰领事致函南洋大臣，举荐荷兰人奈格出任。理由是“奈格曾经两次来华，察看黄浦江河道，颇为精详”，“旅沪各商轮公皆愿伊办”。并取得上海江海关道的支持和英籍税务司出面推荐，清政府于1906年6月正式聘用奈格为技术顾问、总营造师（总工程师），聘用期以三年为限。

奈格上任后，即采用正式治理黄浦江的“乙方案”。重新布置测量并制定了从吴淞口至江南造船厂约31公里的浚浦线，导治方法以期使黄浦江河宽符合浚浦线，使航道成为漏斗形，通过来流冲刷并辅以疏浚来增深通航水道。自1907年1月起，黄浦江治理工程全面开工。主要是在吴淞内河堵塞高桥沙北支老航道，开辟高桥南支新航道，在吴淞外河的吴淞口左岸建筑导流堤，在高桥港口构筑排流丁坎，筑堤导流并辅以疏浚的整治方案以近四年的时间基本完成。虽然说成效显著，但只完成整个工程的一半时，清政府所拨的20年工程款已几乎用尽；奈格任期满离职，清政府道撤销浚浦工程总局改设善后养工局，另聘瑞典人海德生继任善后养工与后续黄浦江治理工程。

1912年，辛亥革命推翻清王朝后民国政府成立。首任国务总理唐绍仪批准，改订浚浦章程十二条，撤销养工局，成立开浚黄浦河道局（史称浚浦局），隶属于中央外交部和财政部管辖，经费从将海关关税中附加浚浦局。总工程师海德生制订了从1912至1921年，1922至1931年两个《黄浦江继续整治计划》，依据前任奈格的总体规划对黄浦江航道进行权限治理，历经20余年的治理，吴淞内外河，陆家嘴，江山等航道浅段水深得以极大改善，黄浦江航道基本成形。

1931年，上海港已成为远东第一的世界第七大港。通达江海的黄浦江航道上万船穿梭，商贾云集；浚浦局吹填的两岸滩地上林立的码头、工厂和大厦，使解放的上海滩跻身世界著名的港口城市，由此开启了走向国际大都市的坚实脚步。